

茗溪學園提出一套「Study Skills」理論,致力培養學生自我學習成長的能力;變化迅速的現代社會中,必須要擁有吸收新的知識及技術的思維及加以利用的能力,「Study Skills」整合ICT、國際觀、創造性、知識、經驗、體力的要素,教導學生獨自完成吸收知識並應用的能力。
SSH為文部科學省認定實施自然.科學.數學重點教育的高等學校;茗溪學園高校於2011年認定為指定校開始,與各大學、研究機關、民間企業合作實施自然科學教育,並在2017年開始第二期的課程。第二期的SSH中,學生在高二必修「個人課題研究」稱之為「17歲的論文」,培育探究、思考、分析、表現等能力。

學校採週6日制,星期六為半天課程;放學期間可自由參加社團活動,另也有特別學科講座。圖書館藏書豐富,學校舉辦的活動十分充實,如:研究學園都市見學,文化祭、夏季讀書會、海外研修旅行(高二)、球技大會、滑雪教室、冬季讀書會等。
學校不單止注重學生的學業,更會重視學生們的課外活動參與。學校最有名的社團為欖球部、劍道部、柔道部。而欖球部更在縣大會及全國比賽上獲得優良成績。
運動社團:橄欖球社、劍道社、柔道社、體操社、羽毛球社、網球社、桌球社、游泳社、足球社、棒球社、熱舞社、籃球社、排球社
文藝社團:科學社、美術社、管樂社、合唱部、室內音樂社、吉他社、演藝社、文藝社、攝影社、語學社、落語研究會、茶道同好會、插畫同好會、志工同好會、電腦同好會
宿舍由國中高中男女分開之4個房子構成。每一個房子裡,稱為房子主人之教職員和其家人,另外還有校長也居住在宿舍,以便在生活指導以及健康管理等多方面中協助學生。
高中宿舍為兩人一房,分為寢室和書房。個樓層設有共用之洗衣機、冰箱、微波爐、熱水器等,以供學生自由使用。大澡堂以及個人沖澡空間,可在早上和晚上的規定時間內入浴。
晚餐和盥洗後,學生會利用一段稱為「靜默時間」的個人自習時間。宿舍生活的一大吸引力在於能夠學習時間管理。此外,學校也提供輔導員,為學生提供學習支援。